目前，在中国市场中，大量的在线水质分析仪器应在企业废水污染物排放自动监测项目中，并且正在成为环境税的计税工具。这类在线水质分析仪器在实际的应用中面临的主要挑战是水质监测数据的可靠性和准确度问题。
在线水质分析仪器采用的测量原理和测量方法和实验室标准分析方法不太可能完全一致，存在方法误差;表现出来的现象是：仪器可以准确测量标准溶液(常常是单一化合物的水溶液)的浓度;但是对于实际水样，衡量是否准确的标准是和实验室人工方法的测量值比对，除了方法误差，还有可能存在人为误差的影响。
以COD(化学需氧量)为例，COD本来是一个条件参数，其定义是：在一定的条件下，水中的各种有机物质与外加的强氧化剂(如K2Cr2O7、KMnO4等)作用时所消耗的氧量;按照HJ828-2017《水质化学需氧量的测定重铬酸钾法》(标准取代了国标GB11914-1989)，标准的测量条件是：水样加入试剂后，保持微沸2小时等等;采用在线COD分析仪器，测量条件很难完全和标准要求的条件一致，这样，就有可能影响COD这个条件参数的在线分析仪器的准确度。
其次，对样品预处理的方法与流程和实验室标准方法不一致，受仪器连续运行及安装环境等一系列条件的限制，在线分析仪器采用的样品预处理系统很可能和相应水质参数对应的标准分析方法要求的预处理条件不一致，这样，也有可能对最终的测试结果带来影响。
针对这些问题，环境管理部门的技术人员开展了大量的在线水质分析仪器适用性研究和比对测试工作，并根据不同水质指标，制定了有十分严格而有针对性的比对测试流程和规范，希望可以找到一个好的解决办法。
需要说明的是：不是所有的在线分析仪器都需要面临如此严格的测量准确度要求。不同的使用目的，对仪器性能的要求也不尽相同。
根据应用目的的不同，在线水质分析仪器又可以分为监测型和过程型两类，监测型分析仪器用于单纯的水质监测，以测量成分指标和评估性综合指标为主，用来判断水质是否达到法规的要求，以及环境水质(地表水,地下水)和饮用水水质的报警和预警性监测，不参与水处理工艺过程控制；这类仪器对测量数据的准确度(精度、误差)要求较高，数据可以作为有关部门进行执法管理的依据；
过程型分析仪器主要用于水处理工艺过程监测，以测量工艺指标、替代指标为主，所测量的水质指标参与过程控制，以优化水处理工艺，提升水处理效率。
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