其实叶绿素本身对环境没有危害，但它是估算浮游植物生物量的重要指标，可以通过测定水中叶绿素含量，掌握水体的初级生产力情况和富营养化水平，在环境监测中，叶绿素a含量是评价水体富营养化的指标之一。
水体出现富营养化现象时，由于浮游生物大量繁殖，往往使水体呈现蓝色、红色、棕色、乳白色等，这种现象在江河湖泊中叫水华。水体富营养化的危害主要表现在三个方面。
⑴富营养化造成水的透明度降低，阳光难以穿透水层，从而影响水中植物的光合作用和氧气的释放，同时浮游生物的大量繁殖，消耗了水中大量的氧，使水中溶解氧严重不足，而水面植物的光合作用，则可能造成局部水中溶解氧的过饱和。溶解氧过饱和以及水中溶解氧少，都对水生动物(主要是鱼类)有害，造成鱼类大量死亡。 (2)富营养化水体底层堆积的有机物质在厌氧条件下分解产生的有害气体，以及一些浮游生物产生的生物毒素也会伤害水生动物。 (3)富营养化水中含有亚硝酸盐和硝酸盐，人畜长期饮用这些物质含量超过一定标准的水，会中毒致病等等。 (4)水体富营养化，常导致水生生态系统紊乱，水生生物种类减少，多样性受到破坏。
湖库水环境问题有别于河流，主要是水体富营养化引发的水华问题，例如“三湖”(太湖、巢湖和滇池)。长期受富营养化和有害蓝藻水华的影响，严重影响饮用水供水安全与生态系统健康。
浮游植物的大量生长是水体富营养化的主要现象，其中叶绿素a是所有浮游植物门类都含有的叶绿素类型.不仅作为水体营养状态划分的重要指标，而且可用于表征浮游植物的现存量。因此，叶绿素在水体富营养状况评价中起关键性作用。
